Hidrofobik birimlerin gömülü bir çekirdeğe toplanabilmesi için bir kalıntı zincirini bir ızgara boyunca bükün ve enerjiyi kanıtlanmış minimum seviyeye sıkıştırın.
Bir protein, 2 boyutlu bir kafes üzerinde hidrofobik (H) ve polar (P) kalıntılardan oluşan bir zincir olarak modellenir. Birbirine bağlı olmadan bitişik duran hidrofobik komşular enerjiyi düşürür. Amacınız zinciri katlayarak H kalıntılarının kompakt bir çekirdek oluşturmasını sağlamak ve optimum enerjiye ulaşmaktır.
Helixfold, protein katlanmasının klasik hidrofobik-kutupsal kafes modeli üzerine inşa edilmiştir ve katlanma arayışını bir bulmacaya dönüştürmektedir.
Bağ yapmayan H-H temaslarının enerjiyi düşürdüğü, bir kafes üzerindeki hidrofobik ve polar kalıntılardan oluşan bir zincir, protein katlanmasının HP modelidir.
Bilinen bir biçime benzerliği değil, doğrudan enerjiyi puanlamak özgün yaklaşımdır.
Enerji doğru hedeftir, çünkü doğanın en aza indirdiği şey odur. Hidrofobik etki apolar kalıntıları içe doğru iter ve bunun dışında pek az şey içeren bir model bile gerçek proteinlerin sahip olduğu yoğun çekirdeği yeniden üretir; HP modelinin bir öğretim ve araştırma aracı olarak yaşamını sürdürmesinin nedeni budur.
Helixfold, protein katlanmasının klasik hidrofobik-kutupsal kafes modeli üzerine inşa edilmiş olup, minimum enerji konformasyonu arayışını dokunsal bir bilmeceye dönüştürmektedir. Üç zincir uzunluğuna ve günlük artı alıştırma modlarına sahip orijinal, ücretsiz bir tarayıcı oyunudur.